BlastXml2Database es un programa que permite leer y parsear archivos XML los cuales son generados por BLAST usando el parámetro -m 7. posteriormente permite almacenar en una base datos toda la informacion completa.

básicamente almacena los siguientes elementos:

• Modulo usado en blastall(blastx,blastp..etc)
• Base de datos usada.
• Iteraciones.
• Hits.
• Hsps(incluyendo alineamientos).
• Mensajes de error.

BlastXml2Database Cutter Utility es un programa que se incluye como herramienta adicional la cual permite cortar reportes de BLAST en formato Xml y generar un archivo xml por cada iteración(ctg) encontrada en el reporte de BLAST. esto permite usarlo en un cluster de computo y almacenar grandes volúmenes de datos en forma distribuida.

BlastXml2Database necesita los siguientes programas:

• MySql Server 5.x
• Connector.NET para MySql 5.x(librería incluida en el paquete)
• Mono >= 1.9.1
• PostgreSql Server 8.x(opcional)

Para instalar BlastXml2Database existen los siguientes pasos:

1. Crear una base de datos en MySql.
2. Crear una tabla, llamarla blast_hit y añadir los siguientes 36 campos:
   
3. Instalación del Framework Mono
   para instalar mono hay varias maneras de hacerlo:
   
   • compilando el código fuente.
   • usando paquetes específicos para una distribución de Linux(rpm,deb).
   • paquetes auto-instalables para Linux y Windows.
   
   para descargar e instalar mono visita el sitio web oficial del proyecto Mono:
   • http://www.go-mono.com/mono-downloads/download.html
   • http://www.mono-project.com/Other_Downloads
   
   la manera mas rápida de instalar mono:
   
   • http://ftp.novell.com/pub/mono/archive/1.9.1/linux-installer/2/mono-1.9.1_2-installer.bin
   • http://www.mono-project.com/InstallerInstructions
4. Instalación del ensamblado para MySql(MySql Connector.NET)
   la versión que usa de MySql Connector.NET es la 5.0.8.1
   en esta versión se incluye la librería para MySql en la carpeta "mysql-libs"
   sitúese en el directorio donde se encuentra la librería(dll) y escriba:

   gacutil -i MySql.Data.dll

   el comando anterior instalara la librería de MySql Connector en el Global Assembly Cache(GAC) ,dependiendo donde tengas instalado mono y el gac deberá existir el siguiente arbol de directorios:
   

   $HOME_MONO_GAC/gac/MySql.Data/5.0.8.1__c5687fc88969c44d/MySql.Data.dll

BlastXml2Database acepta los siguientes parámetros:

--program
=========  
permite elegir cual programa se ejecutara(bxml2dbmini o bxml2db_cutter) muy al estilo de blastall.

--dir
=========      
establece el directorio que contiene los reportes generados por BLAST en formato Xml.

--project
=========  
nombre de la base de datos en Mysql o PostgreSql donde se almacenara la información.

--server
=========   
establece la dirección ip del servidor de datos Mysql o PostgreSql.

--user usernamekey 
==================
usuario de la base de datos.

--password passkey 
==================
contraseña del usuario de la base de datos.

--security disabled|enabled
===========================
permite habilitar o deshabilitar un esquema de seguridad inicial para dedos rápidos, es 100% recomendable deshabilitar la seguridad en los casos que
el programa se vaya usar mediante cron o para visualizar la información que arroja al momento del procesamiento de los archivos xml.

--fix-iteration disabled
========================
en la versión inicial del programa se usaba para arreglar algunos detalles que BLAST arrojaba al generar las iteraciones(ctgs). 

--data-server-provider
======================
permite especificar el proveedor de datos que se usara MySql o PostgreSql.
								

Ejemplo de uso:

BlastXml2Database es una aplicación que forma parte de la suite del proyecto BioMono.
BioMono es:

• una suite multiplataforma de programas para el area bioinformatica.
• un conjunto de librerías.

Los lenguajes que se pueden usar para trabajar con la Api de Biomono son:

• CSharp(C#)
• Visual Basic.NET
• IronPython
• Java,J#
• Managed C++
• PerlNET by PerlDevKit